Le cinéma, lui, vint sur le tard, mais sans parvenir à mettre en valeur son jeu et son physique sec, anguleux. On l’a ainsi vue dans un petit rôle dans L’Horrible docteur Orloff, de Jess Franco en 1962. Et les grands metteurs en scènes qui la séduisaient, tel Carlos Saura, ne sauront utiliser son talent.En 1983, la carrière de Marisa Paredes sur grand écran prend soudain un tournant avec Dans les ténèbres, de Pedro Almodóvar, qui sait filmer son visage si particulier dans le rôle d’une nonne dépendantes des drogues. Avec lui, elle trouve un cinéaste à son écoute et  Talons aiguilles, La Fleur de mon secret, Tout sur ma mère, Parle avec elle  et  La Piel que habito, ( leur dernière collaboration en 2011) scelleront cette belle complicité entre un cinéaste et son égérie. Comme elle l’a déclaré en 2012, Almodóvar l’a « regardée en diva » et « l’a filmée ainsi ».

Femme libre, Marisa Paredes savait prendre des risques pour interpréter des personnages de femmes sortant de l’ordinaire. Ainsi, en 1987, elle campe l’épouse d’un ancien tortionnaire nazi pédophile dans le très dérangeant film d’Agustí Villaronaga, Prison de Cristal. D’autres cinéastes pas banals ont fait appel à elle, que ce soit Roberto Benigni (La vie est belle, en 1997) ou encore Guillermo del Toro (L’Échine du diable, en 2001). En 2018, elle avait reçu un Goya d’honneur (l’équivalent espagnol de nos César).

L’actrice ne barguignait pas ses engagements et avait manifesté contre la guerre en Irak quand elle était présidente – de 1992 à 2002 – de l’Académie du cinéma espagnol ou pris parti pour le Sumar, actuelle coalition électorale de gauche. À l’annonce de sa disparition, Almodóvar a déclaré sur la télévision publique RTVE : « C‘est comme si je me réveillais d’un mauvais rêve, mais c’est encore un mauvais rêve. J’ai du mal à assimiler que Marisa est morte« .