Sur le plan privé, Anne Heche ne s’était pas cachée dans la jungle d’Hollywood, ce qui lui a causé quelques « soucis ». Ayant officialisé une relation avec l’animatrice Ellen DeGeneres en 1997, elle affirmait avoir été ensuite boycottée par Hollywood lors de l’émission Dancing with the stars en 2020. Un an et demi après leur séparation, elle avait épousé un cameraman, Coleman Laffoon et avait un fils, Homer. Après leur séparation en 2007, elle était tombée amoureuse de James Tuper avec lequel elle avait eu un petit Atlas en 2009 avant leur séparation en 2018.

Sur Instagram, son amie Nancy Davis a tenu à l’évoquer en ces termes : « Anne a toujours été la personne la plus gentille et la plus attentionnée qui a toujours fait ressortir le meilleur de moi […] Mon cœur est brisé« .

Juste après avoir écrit son autobiographie, Call me crazy, en 2001, elle s’était fait tatouer un papillon au bas du dos. Selon certains, elle aurait alors expliqué : « Je savais que j’étais finalement libre, mon histoire avait été racontée et je ne regarderai jamais en arrière. Alors oui, je dirais qu’il représente ma liberté« .